Cũng giống như Hideyoshi, Ieyasu khuyến khích ngoại thương nhưng cũng nghi ngờ người nước ngoài. Ông muốn biến Edo thành một thương cảng quan trọng, nhưng khi ông biết rằng người châu Âu thích các bến cảng ở Kyūshū và rằng Trung Quốc đã từ chối kế hoạch giao thương chính thức của ông, ông kiểm soát những việc giao thương đã có và chỉ định bến cảng nào mới được buôn bán các mặt hàng đặc biệt.

Đầu thời kỳ Edo trùng với những thập kỷ cuối của thời kỳ giao thương Nanban trong đó diễn ra sự ảnh hưởng to lớn của sức mạnh Âu châu với kinh tế và tôn giáo. Vào đầu thời Edo, người Nhật đã đóng chiếc tàu chiến vượt đại dương kiểu phương Tây đầu tiên, ví dụ như San Juan Bautista, một chiếc thuyền buồm 500 tấn đã trở đoàn sứ thần Nhật Bản do Hasekura Tsunenaga dẫn đầu đến châu Mỹ và sau đó là châu Âu. Cũng trong thời kỳ này, Mạc phủ đã cho tổng cộng 350 Châu ấn thuyền ba cột buồm và có trang bị vũ khí ra khơi, cho các chuyến giao thương với châu Á. Những nhà thám hiểm Nhật Bản, như Yamada Nagamasa, đã sử dụng những chiếc thuyền này để đi khắp châu Á.

"Vấn đề Cơ Đốc giáo", thực tế, là vấn đề kiểm soát các đại danh theo Công giáo ở Kyūshū và việc giao thương của họ với châu Âu. Năm 1612, các thuộc hạ của Shogun và những người sinh sống trên đất đai của nhà Tokugawa đã bị ép phải thề bỏ Công giáo. Sự cấm đoán nghiêm ngặt hơn được ban bố năm 1616 (cấm ngoại thương đến Nagasaki và Hirado, hoàn đảo ở phía Tây Bắc Kyūshū), 1622 (xử tử 120 người truyền giáo và người cải đạo), 1624 (trục xuất người Tây Ban Nha), và 1629 (xử tử hàng ngàn người Công giáo). Cuối cùng, chiếu chỉ Tỏa Quốc được ban bố cấm bất kỷ người Nhật nào rời khỏi nước Nhât hay, nếu ai đó đã ra đi, thì cấm họ quay lại. Năm 1636 người Hà Lan bị cấm đến Dejima, một hòn đảo nhân tạo nhỏ — và như vậy, không hoàn toàn là đất Nhật — ở bến cảng Nagasaki.

Mạc phủ nhận thấy Công giáo là một nhân tố gây bất ổn lớn; điều này dẫn đến việc cấm Công giáo. Nổi loạn Shimabara năm 1637-38, các samurai và nông dân Cơ đốc giáo bất mãn đã nổi dậy chống lại Mạc phủ — và Edo kêu gọi các con tàu Hà Lan vào bắn phá thành lũy của quân phiến loạn — đánh dấu sự chấm dứt của phong trào Công giáo, mặc dù vài người Công giáo vẫn sống sót bằng che giấu đức tin, gọi là Kakure Kirishitan. Ngay sau đó, người Bồ Đào Nha bị trục xuất vĩnh viễn, thành viên của đoàn sứ thần Bồ Đào Nha bị xử tử, tất cả thần dân được yêu cầu phải đến chùa và đền Thần đạo, người Hà Lan và người Trung Quốc bị hạn chế một cách tương đối, đến Dejima và đến vùng đặc biệt ở Nagasaki. Bên cạnh các thương vụ nhỏ của các đại danh ở vùng xa với Cao Ly và các đảo Ryukyu, với các vùng Tây Nam các đảo chính ở Nhât, năm 1641, quan hệ với nước ngoài bị giói hạn bởi chính sách Tỏa Quốc đến Nagasaki.

Năm 1650, người Cơ Đốc giáo về cơ bản đã bị thủ tiêu, và ảnh hưởng kinh tế, chính trị và tôn giáo với Nhật Bản đã trở nên khá mờ nhạt. Chỉ có Trung Quốc, và Công ty Đông Ấn Hà Lan, và một giai đoạn ngắn là người Anh, có quyền đến Nhật Bản trong thời kỳ này, nhưng chỉ với mục đích thương mại, và họ bị hạn chế ở bến cảng Dejima ở Nagasaki. Tất cả những người châu Âu khác khi đặt chân lên bờ biển Nhật Bản đều bị giết chết mà không cần xét xử.